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浙江省杭州市经济开发区研究院实行理事会领导下的院长负责制,以协同创新为导向,按照围绕产业链构建创新链,围绕创新链配置资金链的思路,按行业组建若干协同创新中心,设立知识产权基金,并与各中心高科技企业共同组建中心专属子基金;中心与子基金评估课题,子基金领投,知识产权基金跟投,政府配套资助经费;组建若干专业研究所,按照课题任务快速、灵活组成高水平工程技术团队,高效高质完成攻关任务,协同创新中心、基金、研究所三元耦合,实现产学研用紧密结合和市场配置资源的效果,通过资本平台及联动机制实现“目标一致、责任共担、利益共享、行动同步”。